Jak można wyczytać z kart historii, wieś Kobierzyn należała niegdyś do Parafii Św. Jakuba, a kościół znajdował się niedaleko „Skałki". Gdy Austriacy na początku XIX w., zburzyli ten kościół, parafianie modlili się w kaplicy św. Bartłomieja na Ludwinowie. Po wybudowaniu w Podgórzu kościoła św. Józefa, objął on duszpasterską opiekę nad wsią Kobierzyn. Na początku XX w., miasto wybudowało na terenie Kobierzyna najnowocześniejszy na owe czasy szpital psychiatryczny, a na jego terenie powstała kaplica p.w. Matki Bożej Częstochowskiej. Posługę kapłańską wobec pacjentów i pracowników spełniał w niej zatrudniony przez szpital kapelan (w latach 1945-1998 obowiązki kapelana pełnili księża z parafii).

W latach 1909-1911 stacjonująca na terenie Kobierzyna jednostka wojskowa - VIII Pułk Ułanów, wybudowała kaplicę garnizonową według projektu pana Klimczoka. Gdy po zakończeniu Pierwszej Wojny Światowej została wycofana z Kobierzyna, wojsko przekazało kaplicę na własność diecezji krakowskiej i stała się ona kaplicą filialną Parafii Św. Józefa. Arcybiskup Metropolita Krakowski Książe Adam Stefan Sapieha dekretem z 3 V 1934r. wydzielił z Parafii Św. Józefa w Podgórzu parafię obejmującą swoim zasięgiem całą wieś Kobierzyn, a dotychczasową kaplicę filialną ustanowił kościołem parafialnym. Kościołowi i parafii dał za patrona Matkę Bożą Królową Polski.

Pierwszym proboszczem był ks. Jan Lupa. W czasie okupacji hitlerowskiej, aresztowany przez gestapo, kilka lat spędził najpierw w więzieniu, a potem w klasztorze kamedułów na Bielanach. W 1968r., po rezygnacji z urzędu proboszcza, pozostał na plebani, jako rezydent. Zmarł 26 XII 1971r. i został pochowany na cmentarzu przy ulicy Lubostroń. Jemu zawdzięczamy wybudowanie do dziś funkcjonującej plebanii. W latach 1968 - 1970 administratorem parafii był ks. Zbigniew Krzystyniak. W latach 1970 - 1986 proboszczem był ks. Stanisław Jaworski, po nim parafię objął ks. Piotr Kałamacki. W 1989r. z części tutejszej parafii, jak również z części parafii Dębniki i Borek Fałęcki wydzielona została Parafia Zesłania Ducha Świętego na Ruczaju. Od 1994r. proboszczem parafii był ks. Tadeusz Szarek. Na jego prośbę w 1994r. dekretem ks. kardynała Macharskiego ustalona została stała granica między parafią Ruczaj, a parafią Matki Bożej Królowej Polski.

Biorąc pod uwagę, że teren parafii stał się terenem inwestycji budowlanych, w 1997r. rozpoczęto rozbudowę kościoła. Rozbudowy dokonano według projektu p. inż. arch. Piotra Sobańskiego, a inspektorem nadzoru budowlanego był p. Adam Migdał. Rozbudowany kościół konsekrował 3 XII 2000r. ks. kardynał Franciszek Macharski. W 1998r. dekretem Księdza Kardynała z Parafii Matki Bożej Królowej Polski wydzielony został Ośrodek Duszpasterski p.w. Matki Bożej Częstochowskiej w Szpitalu im. dra Babińskiego. Ponadto 1 I 2002r. utworzono Parafię Św. Rafała Kalinowskiego (Kliny-Zacisze). Nowym proboszczem w czerwcu 2005r. został ks. prałat Tadeusz Dziedzic, a od lipca 2007r. posługę proboszcza pełni ks. kanonik Jan Antoł.

W ostatnim czasie nasza świątynia przeżyła remont dotyczący wymiany elektryczności, została wymalowana, jak również zostało też upiększone prezbiterium, byśmy mogli lepiej przeżywać nasze spotkania z Bogiem. Jak można zauważyć teren naszej parafii wciąż się rozbudowuje, powstają nowe osiedla i bloki. Zamieszkiwany jest przez parafian, którzy mają tutaj głębokie korzenie, jak i nowych, którzy nie dawno wprowadzili się i pochodzą z różnych stron naszego kraju, a nawet z zagranicy, czy z poza Europy. Dużo jest też studentów, którzy wynajmują mieszkania na okres roku akademickiego. Jednak wszyscy stanowimy jedną wspólnotę – rodzinę parafialną, która jest zjednoczona wokół kościoła parafialnego.

źródło: http://www.mbkp.eu