Historia Sanktuarium i cudownego obrazu Matki Bożej Kodeńskiej jest ściśle związana z rodem Sapiehów. Jednak cała historia zaczyna się znacznie, znacznie wcześniej…
Swój początek ma już w VI wieku, kiedy na piotrowym tronie w Rzymie zasiada papież Grzegorz Wielki. W prywatnej kaplicy papieskiej jak przekazują podania miała wówczas znajdować się cudowna figura Matki Bożej. Papież Grzegorz Wielki, (którego postać widzimy w ołtarzu po lewej stronie od obrazu, z trójramiennym krzyżem) postanowił podarować swojemu przyjacielowi bp Leandrowi (postać za papieżem Grzegorzem Wielkim) tę figurę.

Biskup umieścił ją w sanktuarium w miejscowości Guadalupe w Hiszpanii. Stąd dwa tytuły Matki Bożej: Matka Boża Gregoriańska oraz Matka Boża z Gwadelupy. Jak podaje legenda figurę tę miał wyrzeźbić św. Łukasz Ewangelista (postać z prawej strony z wizerunkiem Matki Boskiej). Jednak jest to tylko legenda, mimo której to właśnie św. Łukasz Ewangelista uznawany jest po dziś dzień za najbardziej „maryjnego” Apostoła Chrystusa. Stąd jego ścisły związek z Maryją w tym przekazie. W czasie, gdy bp Oleander zabierał ofiarowaną mu figurę Matki Bożej przez papieża Grzegorza Wielkiego, pojawia się czwarta ważna postać w całej tej historii. Jest nią postać bp. Augustyna z Canterbury, który miał wielki talent malarski. Nie jest to ten św. Augustyn z Hippony, który  nawrócił się m.in. za przyczyną swej matki i bp. Ambrożego a był autorem m.in. znanego dzieła pt. „Wyznania”.

Na podstawie figury Matki Bożej podarowanej bp. Leandrowi, św. Augustyn namalował obraz, który od tego czasu widniał w papieskiej kaplicy. Umieszczony został tam aż do czasów papiestwa Urbana VIII i Mikołaja Sapiehy, zw. Pobożnym.

Czwarty w kolejności właściciel Kodnia Książe Mikołaj Sapieha zwany Pobożnym, rozpoczął budowę świątyń. W trakcie jej  budowy zachorował. Mikołaj Sapieha miał wtedy 42 lata. Na wskutek wylewu krwi, doznał paraliżu. Budowa świątyni została przerwana z powodu choroby księcia. Po paru miesiącach, żona Anna namówiła księcia na pielgrzymkę do Rzymu. Książę, który w młodości studiował w Rzymie i dobrze Rzym zna chętnie się zgodził na wyjazd do Rzymu. Przygotowano wyprawę konną, bo tylko takie środki lokomocji wówczas były. Po dwóch miesiącach dojechali szczęśliwie do Rzymu, gdzie książę Sapieha został przyjęty przez Ojca św. Urbana VIII.W trakcie audiencji papież zaprosił księcia na Mszę św. do swojej prywatnej kaplicy, gdzie książę w ołtarzu tej kaplicy zobaczył właśnie ten obraz Matki Bożej, na który mamy szczęście aktualnie patrzeć tutaj w kodeńskiej świątyni. Jak tradycja nam przekazała w czasie Mszy św. odprawianej przez Ojca Świętego Urbana VIII, książę Sapieha doznał cudownego uzdrowienia Po paru miesiącach paraliżu podniósł się o własnych siłach. Dziękując Matce Bożej za cudowne uzdrowienie, postanowił sobie za wszelką cenę obraz Matki Bożej zabrać ze sobą do Kodnia. Jednak Ojciec Święty nie wyraził na to zgody i wówczas Mikołaj Sapieha zw. Pobożnym, wpada na niepobożny sposób.

Przekupuje zakrystiana papieskiego. Obiecuje mu 500 złotych dukatów a ten w nocy wykrada obraz z kaplicy papieskiej, wręcza go księciu, za co otrzymuje wynagrodzenie zgodnie z umową. Książę natychmiast w nocy ucieka z obrazem z Rzymu, spodziewając się pościgu. Rzeczywiście po zauważeniu kradzieży, pościg ruszył za księciem, ale temu udało się szczęśliwie uciec z obrazem Matki Bożej. Wówczas Ojciec św. Urban VIII, ukarał księcia, rzucając na niego klątwę kościelną (zakaz wstępu do świątyni, zakaz uczestniczenia we Mszy św. zakaz przystępowania do spowiedzi i Komunii św.). Książę bardzo boleśnie przeżył tę karę kościelną, ale nadal uciekał z obrazem do Kodnia. Na przyjęcie obrazu 8-tysięcznyy wówczas Kodeń został pięknie przygotowany (dekoracje, orkiestry, armaty). Obraz Matki Bożej został uroczyście wprowadzony do kaplicy zamkowej 15 września 1631 roku. Do kaplicy, gdyż kościół był w trakcie budowy.
Gdy książę dokończył budowy tej Bazyliki pięknie ją wyposażył. Wówczas obraz Matki Bożej przeniesiono do tej świątyni do głównego ołtarza. Książę, jako wyklęty z Kościoła, nie mógł wejść do tej świątyni, więc prywatnie wchodził do pomieszczeń nad zakrystią i przez okienko spoglądał na obraz Matki Bożej i w ten sposób przez okienko się modlił. Trwało to trzy lata. Po trzech latach książę udał się na sejm, na którym rozgorzała dyskusja, gdy król Władysław IV chciał zawrzeć związek małżeński z protestantką, co według niektórych groziło Polsce zalewem protestantyzmu.    

W tej sprawie zabrał też głos książę Sapieha i z wielką mocą przekonywał króla, żeby tego nie czynił, grożąc przy tym zerwaniem sejmu. Król ustępuje – odstępuje od powziętego wcześniej zamiaru, ostatecznie żeniąc się z córką cesarza Austrii, Renatą Cecylią. Wówczas to Nuncjusz Papieski w Polsce – Visconti - obecny na sejmie postanowił pomóc księciu. Napisał list do Ojca św. Urbana VIII, prosząc go o darowanie kary i pozostawienie obrazu Matki Bożej w Kodniu. Urban VIII przychylił się do prośby, zdjął karę kościelną i obraz po wsze czasy darował Sapiehom i Kodniowi. Zażądał tylko, żeby Książę Sapieha w ramach pokuty odbył podróż do Rzymu. Książę podjął osobistą decyzję, po modlitwie przed obrazem Matki Bożej i pieszo powędrował z Kodnia do Rzymu /2300 km/.
W Rzymie został znów przyjęty przez Ojca św. Urbana VIII i tym razem obdarowany Relikwiami Świętych (kości świętych męczenników i wyznawców).Według kronik przywiózł ze sobą do Kodnia około 100 Relikwii Świętych, które umieścił w tej Bazylice. Z biegiem czasu część relikwii została rozkradziona, ale około 60 ocalało i są umieszczone w bocznym ołtarzu. Znajdują się one w specjalnych relikwiarzach za szybami on góry do dołu ołtarza, który przedstawia męczeństwo św. dk. Szczepana. Poginęły dokumentacje i dlatego w tej chwili nie wiemy, jakiego Świętego relikwie tutaj zostały. Jedyną dokumentacja potwierdzającą autentyczność relikwii jest dokument dotyczący czaszki, św. Feliksa. Św. Feliks był papieżem i męczennikiem.

Obraz Matki Bożej był koronowany koronami papieskimi w roku 1723. Była to trzecia koronacja obrazu na terenach dawnej Polski: pierwsza koronacja koronami papieskimi miała miejsce na Jasnej Górze - 1717, potem w Trokach k/Wilna - 1718 i  w Kodniu - 15 sierpnia 1723 r. Papieskie korony z 1723 są zabezpieczone. Na obrazie Matki Bożej umieszczono nowe korony, w roku jubileuszowym 2000-nym. Podlasie ufundowało Matce Bożej nowe korony, które poświęc1ł ks. bp senior  Jan Mazur.

źródło: www.koden.com.pl